目前中国的基层医疗有几个层次，分别是社区卫生服务中心（站），街道卫生院、乡镇卫生院、村卫生室以及其他机构如门诊部。这些基层医疗的发展在过去几年呈现出不同的轨迹，其中特点一个是在门诊上，基层的主要推动力来自村卫生室，占基层门诊量的50%以上，年平均增长为7%，而乡镇卫生院——占基层门诊24%，夹在村卫生室和县级医院中间处于一个尴尬的定位，发展相对较慢增长率小于5%。

　　另一方面，住院上明显有大病向县级医院集中的趋势。乡镇卫生院是基层住院的主体，历年来一直占基层住院人数的90%以上，但其入院人数增长在2010年到2013年之间只有3%，而县级医院为14%。其他基层医院包括社区服务机构和街道卫生院等在住院服务方面均呈现出萎缩趋势。

　　国务院办公厅最新公布的全国医疗卫生服务体系规划纲要（2015-2020年）从规模上给乡镇医疗机构提供了几点提示。纲要中表示“到2020年，实现政府在每个乡镇办好1所标准化建设的乡镇卫生院。”同时，纲要中提到的公立体系中每千人常驻人口医疗机构病床数增加最快的是公立县办医院，再是基层，而乡镇卫生院恰恰是基层住院的主体。因此在门诊和住院上分别如何定位成为乡镇卫生院是否能存活并且发挥基础医疗作用的关键。

　　目前乡镇卫生院的尴尬并不是数量上的，全国接近3.7万家乡镇卫生院面临的困境主要是往下如何和村卫生室在基础问题处理上错位竞争，往上如何与县级医院协调发挥不同的作用。现在乡镇的问题就是村卫生室在门诊小病上有地理方便的优势，而在复杂病症的需求上，病人又倾向于直接去县级医院，中间的乡镇卫生院处在缺乏大病处理能力和小病不够贴近需求的问题。

　　乡镇卫生院的平均利润率一直在3%左右但地域差异较大，但这是在有政府补助的前提下的。事实上，政府补助占乡镇卫生院总收入的比例从2009年的24%增长到2013年的36%，假如没有这些补助，乡镇卫生院的亏损会在50%以上。再加上药品收入占到医疗收入的一半左右，可见乡镇卫生院的发展受困于外在因素，内在的服务完全没有成为核心因素。