专家分析称，尽管我国创新竞争力有所提升，但创新产出中存在的水分很大，且投入资金与商业化比值失衡问题也日益突出。

　　黄皮书中主要从国家创新基础竞争力、创新环境竞争力、创新投入竞争力、创新产出竞争力和创新持续竞争力五个体系进行综合评价，主要反映2011年二十国集团创新竞争力排名情况。五个指标体系中，中国国家创新产出竞争力排名最靠前，位列第二，具体包括专利授权数、科技论文发表数、注册商标数等衡量数据。黄皮书显示，中国专利授权数在2010年和2011年分别得分29.6和38.8，均位居第三名。然而看似亮眼的数据却含有不少水分，一位不愿具名的社科专家向北京商报记者透露，在我国创新产出中，原创的成分非常少，仅占全部产出的20%左右。

　　除此之外，实践中真正将研发成果转化为有价值的产品的也很少，实际研发效率低下。国务院发展研究中心副主任韩俊就表示，我国许多重大专项投入了大量研发资金，但结果是研发和商业化脱节。研发不少，出成果却比较慢;专利不少，但是真正有价值的不多。

　　近年来，我国研发效率低下的问题越发凸显。北京工商大学产业经济研究所所长陈及分析，我国现有的科研投入机制导致研发资金配置不合理，对研发主体的真实水平缺乏有效的评估，造成大量研发资金投错了对象，同时“研发领域整体的急功近利现象较为普遍，长此以往，难以产生重大创新性进展”。陈及说，低水平重复性的研发制度下很难产生原创性、高水平的契合大众的商业成果。

　　中国社科院杂志社经济学博士林跃勤也认为，科研经费相关规范机制的空白是导致我国创新投入与成果差距大的原因之一。“国外有2/3以上的科研经费分配是由企业和个人来配置的，注重投入效率。而我国则有2/3的资金是由政府来支配的，一方面缺乏严格的科研成果考核、跟踪机制，另一方面无形中形成了垄断利益阶层。”