一些地方受经济利益驱动，流域上游引进水污染项目，就会出现上游发展了经济，污染了下游环境的情况。而在进行环保考核时，下游政府又会把责任推给上游。地方保护主义导致跨界水污染防治的低效甚至无效，并成为我国水污染治理的一项制度痼疾。

　　吴存梅提出，目前，不管是《水污染防治法》，还是《关于预防与处置跨省界水污染纠纷的指导意见》，对跨区域环境问题的责任追溯程序及赔付金额都没有明确的规定，跨界污染纠纷主要是由当事双方政府协商解决。但是，由于欠缺制度安排和法律规定，仅靠协调解决的办法往往难以奏效，建立跨界污染纠纷处置及赔付办法势在必行。