2009年发布的国家基本药物目录包括基层医疗卫生机构配备使用和其他医疗机构配备使用两个部分。目前，已先期公布的《国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）》（2009版），包括化药、中成药共有307个品种。

SFDA南方医药经济研究所广州标点医药信息有限公司的中国药品医院市场用药分析系统（HDM系统）和中国药品零售市场用药分析系统（RDM系统）这两大终端用析系统，对新旧基本药物目录药品的用药数据进行了对比分析与研究。

2009年版调整相当大

基本医疗版基本目录共有307个品种，其中有205个化学药，102个中药品种。相比2004年版，品种数量已经大大减少，基本上和WHO版的品种数量相当。估计配合公立医院改革试点的基本目录（其它部分）品种也不会太多。因此，从整个2009年版的目录品种来看，相比于2004年目录有着相当大的调整。

在现有基本目录中，化学药没有独家品种。中药品种部分均为在SFDA批准文号登记中只有一个厂家的品种（根据SFDA网站产品数据库统计），未区分剂型，共计29个，占全部中药品种的20%以上。其中，心脑血管疾病用药品种为9个，消化系统用药品种为6个，骨骼肌肉系统疾病用药品种为5个，成为基本药物目录中中成药部分独家品种最多的三大用药类别。

HDM系统显示，在样本医院中，共有2128个品种在医院销售使用。其中，基层版目录中的品种（细分到剂型，并包括备注中的药品，且不含中药饮片）完整的为451种，进入样本医院的为205种，占样本医院品种总数的9.6%。其中，化学药有184个，中成药有153个。在品种数量上，基本药物品种不占主导地位。